在看過基督首先教導尼哥底母什麼之後，讓我們接著看他教導的成效。尼哥底母過於執著於「重生」這個隱喻詞，且既不明白其含義，也不理解基督的意圖，他隨即透過這個問題表達了他的無知與不信：「人已經老了，如何能重生呢？豈能再進母腹生出來嗎？」隨後，基督給予了解釋性的回答，不僅告訴他重生的本質，還指出了其成效背後的奧秘，並從自然界的動力中展示了一個顯而易見的理由，說明為何這種奧秘不應顯得不可思議；然而，尼哥底母卻給出了與第一次相似的第二次回答：「怎能有這事呢？」這些話語並非意味著對基督所言之真理的絕對不信，而是對其含義的極大無知，以及未能完全辨識出那本應導致完全相信的證據；這反映了他對所宣稱之事的不可能性有強烈的預判，並因此對該宣稱的真實性產生了極大的懷疑。
請注意此處尼哥底母過犯的加重之處：
第一，這些話語出自一位他自己承認是從神而來的教師，且這教師以無人能行、除非有神同在的神蹟印證了他的教義；難道神會差遣任何帶著謊言的使者，或任何不知所云的教師嗎？或者祂會用如此無可置疑的神蹟來印證不實之言或毫無意義的荒謬嗎？確實，一個一旦確信神差遣了使者並印證了信息的人，就應該確信其內容是神聖的，絕不該懷疑其真實性。
第二，儘管基督以頻繁的斷言來確認祂教義的真實性，尼哥底母卻因不信而動搖。
第三，這正是虔誠與基督教最基礎的教義與入門知識，對他而言竟如此陌生。
第四，基督用來表達屬靈事物的術語，他全以屬肉體的意義來理解；甚至在基督明確告訴他所指的「生」並非屬肉體、產生屬血氣的受造物，而是從水和聖靈生、產生屬靈的受造物之後，尼哥底母仍然不明白祂的意思。
第五，然而此人是猶太人的官長，甚至是最高公會的一員，且被認為精通律法；一個自稱是瞎子的嚮導、黑暗中人的光、愚拙人的師傅、小孩子的教師，擁有律法中知識和真理的模範；一個以神和律法自誇的人（羅馬書二章17-20節）。然而，這個本該教導他人的人，自己卻連這些入門知識都未曾學會。
第六，當基督使用一個熟悉的例子，向他說明事物並不因為不可見，或者因為我們不知道其本質、原因和目的，就變得不可思議時——我們知道風在吹，卻不知道它從何而來、往何處去，這在風的吹動中顯而易見——尼哥底母卻沒有因此停止懷疑，反而問道：「怎能有這事呢？」事物的屬靈性與奧秘性使他那未受啟發的理智覺得這是不可能的；而表面的不可能性使他懷疑其真實性。因為他無法理解這事如何發生，所以他懷疑它是否真實。他對自己的無知缺乏足夠的理性自覺，對一位由神差遣並以神蹟印證其教義的教師也缺乏足夠的信任，以至於無法在尋求更清晰地發現其本質、起源和目的的同時，作為一名學習者，在教師的權威下默認該事物的真實性。
因此，在這個回答中，所有這些罪惡同時顯露出來：極大的無知，即便身為官長亦然；不信，在承認了前提的情況下卻懷疑結論；某種程度上的不可教誨，儘管他自稱是來學習的；對自己理解力傲慢的自負，彷彿基督的話語或顯而易見的真理，比他淺薄的理解力更值得懷疑。
從這幅圖畫中，我們可以很好地總結出人類敗壞性情的通常樣貌，我們都可以透過認識尼哥底母來認識我們自己；由此，我可以針對我們所有人提出以下觀察：
教義：人類敗壞的本性，比起承認自己的無知與無能，更傾向於質疑神話語的真實性；當他們自己不知道基督所揭示之事的本質、原因與理由時，便準備懷疑這些事是否真實。
他們會使任何他們不理解的事物顯得不可能，而所有這些不可能性會使它顯得不可信，而部分內容的不可信會使整體顯得不可信；就這樣，人們成為了不信者，或者透過他們所無知的每一件事來滋養他們的不信；並將「因為他們尚未知道並完全理解要學習與相信的事物」作為他們不願相信或學習的主要理由；於是，在任何塵土與蟲子所無知的事物上，神都必須受到指責。
當猶太人承認先知是屬神的，且有時會聲稱願意接受並順服神透過他們所傳達的任何信息時，一旦他們聽到具體內容，如果這不符合他們的利益與屬肉體的理性，他們就不會相信或順服，反而會迫害使者，並認為這樣的信息絕不可能來自神；因此，他們必須先喜歡具體的內容，才會相信它是來自神的；於是，除非神的話語取悅了人類盲目且屬肉體的理性，否則它就不再是神的話語。
你可以發現他們是如何對待先知耶利米（耶利米書四十二章）；他們懇求先知為他們禱告並尋求神的建議，並以看似堅定的決心約束自己去順服；說：「我們若不照著耶和華你神差遣你來傳給我們的一切話去行，願耶和華在我們中間作真實誠信的見證。我們無論是好是歹，必聽從耶和華我們神的話，我們差你去，為的是使我們得福。」人們本以為在發下這樣的誓言後，這些人會相信並順服神所傳達的任何事；然而，當他們聽到信息與他們自己的想法和意見相左時（四十三章1-2節），經文說，「所有驕傲的人」給出了這樣的回答：「你說謊言！耶和華我們的神並沒有差遣你來對我們說……」
在約翰福音六章中，你有一個關於這種敗壞性情的完整例子。當基督僅僅告訴他們祂是從天上降下來的糧時，猶太人就發出怨言（41節）；但當祂堅持說「祂是生命的糧，祂要將祂的肉賜給世人得生命，吃祂的人必永遠活著」時，這些屬靈的事他們不明白，而是以屬肉體的方式理解祂，並因此拒絕了真理，因為他們不明白；以至於（52節）他們在彼此爭論，反對基督的話語；說：「這個人怎能把他的肉給我們吃呢？」就像尼哥底母一樣：「怎能有這事呢？」他們不相信這是真的，或者認為這不可能發生，直到他們自己知道「這事如何能成」：而當基督進一步強調這個奧秘時，甚至祂的一些門徒「聽見了，就說：這話甚難，誰能聽呢？」（60節）。儘管基督繼續向他們揭示奧秘，並將祂先前以寓言所說的話說得更明白；但經文說（66節），「從此，他門徒中多有退去的，不再和他同行」；以至於祂問那十二個門徒是否也要離開，暗示了因這微小的緣故而退去的人數之多；真的，只因為祂說了他們不明白的話，而他們沒有足夠的謙卑與耐心去學習；又因為他們在第一次聽見時未能領會，所以他們就認為這是不可能的、不可信的。我們還可以從聖經中舉出更多這樣的例子，但唉！這是一個不需要進一步證明的真理；世上有多少人，就有多少活生生的見證；未重生者被這種敗壞所征服，而重生者則因其殘餘而受到極大的削弱與阻礙。
為了進一步發揮這一觀察，我將首先進一步剖析這種敗壞的本質與運作；其次，說明其原因；最後，對這一切作些應用。
- 有時，人類軟弱的理智會被事物的本質或屬性所阻礙；然後，由於既無知又傲慢，他便不相信有這樣的事存在，因為他無法達到理解它究竟是什麼的程度。
基於這個原因，有些人質疑人是否有不朽的靈魂，因為他們無法達到他們所期望的、去了解那靈魂是什麼：有些人不相信有聖靈居住在祂子民心中這回事，因為他們不知道那聖靈是什麼：有些人認為根本沒有內在的、成聖的恩典，或在重生者靈魂上更新的神的形象這回事；認為所有關於這些屬靈、超自然改變的談論都只是幻想與臆測；這一切僅僅是因為他們不知道什麼是聖潔與恩典的傾向。他們認為沒有與神交通這回事，因為他們不知道那是什麼；也沒有禱告的靈這回事，因為他們不知道那是什麼。
事實上，如果這是一種明智且正確的推理，那麼除了我們知道其形式本質的事物外，就不應該有任何東西存在，這在世界上是最粗陋的臆想。如果你不知道天使或靈是什麼，難道就意味著沒有天使或靈嗎？如果你不知道在可見的受造物之外、在視線之外有什麼，難道就意味著視線之外什麼都沒有嗎？按照這個規則，你可以說沒有神；不，如果這是正確的推理，全世界都必須這樣說，因為沒有人能對神的本質有真正的形式知識，因此必須說沒有神，因為他們不知道神是什麼；不，這是一個大問題，即這樣的人是否必須否認幾乎所有神所創造之物的存在；因為與我們所無知的相比，我們對事物形式的了解實在太少了。你不知道火是什麼，不知道光是什麼，不知道空氣和風是什麼；儘管世上有種種宏大的宣稱。人們對這些事物的形式本質一無所知：難道你因此就要說沒有火、光、空氣或風這回事嗎？你不知道太陽或月亮的形式本質：難道因此就沒有太陽或月亮嗎？唉！沒有一根草，也沒有最小的爬行動物是你徹底了解的，然而你知道這些事物是存在的。野獸不知道人是什麼，然而它察覺到有這樣的生物存在：而沒有人徹底了解他自己是什麼，然而他知道他存在。
至於靈魂本身，我們擁有這樣的靈魂是一個最簡單且明顯的真理；但要給它下一個定義卻沒那麼容易。正如要知道你頭上有眼睛和視力，並不是透過看見那些眼睛或視力，而是透過它們看見其他事物：因為眼睛不是為了看見自己而造的，我們也不會看見眼睛的視力；但透過那眼睛和視力，我們看見了其他事物，並因此知道我們有眼睛和視力：因為沒有眼睛和視力的人，什麼也看不見；所以理性的靈魂並非直接為了理解自身及其自身的理知而造，而是為了理解其他事物，並藉此知道我們有理性的靈魂：因為凡理解的人，必理解某物，並藉此他理解到他在理解，從而知道他有理性的官能：因為沒有理性靈魂的人，什麼也理解不了；然而，我不會妄下定論，去解決理智是否透過對行為本身的直接直覺，來了解其自身與意志的引發行為這一爭議。因此，只要人們還能了解其他事物，就因為他們不能直接或完全地了解自己，而懷疑我們是否有這樣的理性靈魂，這與因為眼睛看不見自己，就懷疑我們是否有眼睛一樣，都是不合理的，只要它們能看見外部對象即可。
- 此外，這種敗壞經常顯露出來，因為人們不相信所揭示事物的真實性，是因為他們無法達到理解其原因的程度；因此，許多人會質疑神關於預定與遺棄的旨意，因為他們無法達到其原因。許多人會否認創造的工作，因為他們不知道創造的方式。他們會質疑自己是否有不朽的靈魂，因為他們說不出它是如何產生的；是透過種子傳遞與繁衍，還是透過直接創造？他們會否認神分別的有效恩典的工作，因為他們不知道它是如何賜下或在靈魂中運作的。