第九章 然而信心仍有許多困難需要克服：這些困難是什麼；以及它們的成因。
有兩類人可能會閱讀這些內容，他們的性情截然相反，以至於對一方有幫助的內容，可能對另一方有害：第一類人是那些看到了太多反對意見與困難，以至於他們偏離了對基督信仰證據的正確認識，腦中除了信仰的絆腳石外別無他想。對這些人談論更多困難，可能會增加他們的沮喪感，並對他們造成傷害：但我並不認同那些認為因此就應保持沉默的人；因為如果這些困難浮現在他們腦海中，卻沒人解答，可能會誘使他們認為這些問題是無法解答的：對於這些人，更好的方式是勸勉他們更深入地研讀真理的證據。此外還有另一類人，我們必須考慮到，他們在信心的工作中看不到任何困難，因此對這些困難毫無防備，僅僅依靠外在的幫助與優勢來維持信仰，一旦風暴襲來，這種信仰就會崩塌；因為若不認識疑慮，就無法妥善克服，且「沒有什麼比從疑慮中得出的確信更為確定的了」（nil tam certum quam quod ex dubio certum est），因此我將冒昧地揭示信心的困難。
第一節：信靠基督是一項艱鉅的工作，這點可由健全信徒的稀少、真誠信徒信心的不完美，以及為了引導人們相信所必須使用的偉大而奇妙的媒介來證明。
膚淺的信徒在全世界中只佔極小部分，而健全的信徒在自稱基督徒的人中也只佔極小部分：這些健全的信徒也常有試探，其中一些人有許多令人困擾的疑慮，而所有人的信心都遠未達到完美。然而，為了引導他們達到這種程度，仍必須使用上述所有的神蹟、證據、論證與運作。
第二節：這些困難在於：I. 某些在於所信的內容；II. 某些在於外在的阻礙；III. 某些在於必須相信的人的心中。
第三節：I. 1. 榮耀的三位一體教義，一直是信心的一大難題，導致許多人逃避基督信仰，特別是穆罕默德教徒；也導致許多異端採取自己的手段來規避它。
第四節：II. 第二位格，即永恆之道的道成肉身，以及神性與人性的位格聯合，是上帝對人如此奇妙的降卑，以至於這成為了最大的困難，也是不信者與異端最大的絆腳石。
第五節：III. 耶穌基督的復活與升天，以及人性的尊榮在他裡面高過天使的本性與榮耀，是一個困難。
第六節：IV. 要相信基督、先知與使徒的所有神蹟歷史是困難的，因為這些事情太過奇異。
第七節：V. 堅定地相信靈魂的不朽，以及來世永恆的福樂，並非沒有困難。
第八節：VI. 對許多人而言，相信地獄中靈魂的永恆痛苦也是困難的。
第九節：VII. 同樣難以相信蒙福者是少數，而受咒詛者卻是遠為龐大的多數。
第十節：VIII. 相信如此巨大的改變與如此聖潔的生活對於得救是必要的，對某些人而言也是一項困難。
第十一節：IX. 身體復活的教義是所有困難中最大的一項。
第十二節：X. 基督來到世上的時間如此之晚，以及他的福音透過先前的預言與之後的講道，僅向少數人啟示，也是如此。
第十三節：XI. 基督本人及其家世、出生地、世上的境遇，以及他出生方式的顯然卑微，也是如此。
第十四節：XII. 他在十字架上作為罪犯，在褻瀆、不敬神與叛國的指控下受苦與死亡的方式，一直是猶太人與外邦人的絆腳石。
第十五節：XIII. 他跟隨者的稀少與卑微，以及不信者與基督仇敵的數量、世俗地位與繁榮，也是如此。
第十六節：XIV. 聖經缺乏卓越的辭藻與藝術，它們在邏輯方法、精確度與修辭優雅上不如其他著作，這對不信者而言是一個巨大的冒犯。
第十七節：XV. 聖經的物理學與哲學家的物理學差異甚大，也是如此。
第十八節：XVI. 聖經中看似矛盾之處也極大地冒犯了他們。
第十九節：XVII. 他們感到被冒犯的是，對基督本身的信心被視為得救的一項卓越且必要的條件。
第二十節：XVIII. 相信現世的逆境與毀滅是為了我們的益處與永恆的福祉，是困難的。
第二十一節：XIX. 許多人感到被冒犯的是，基督的教義似乎不適用於王國與世俗政府，而僅適用於少數私人。
第二十二節：XX. 最後，那些看似無法理解或尚未應驗的預言，也成了困難與冒犯的根源。這些是信心的內在困難。
第二十三節：II. 對基督信仰的信心所面臨的外在偶然性阻礙如下：1. 因為許多基督徒，特別是天主教徒，腐蝕了信仰的教義，並提出違背常識與理性的粗俗謬論，將其作為基督信仰的必要條款，例如變質說（transubstantiation）。
第二十四節：II. 他們為基督信仰的真實性提供了錯誤或不充分的理由與動機；這些理由一旦被識破，反而堅固了人們的不信。
第二十五節：III. 他們腐蝕了上帝的敬拜，將其從理性與屬靈的敬拜，轉變為眾多非理性的、儀式性的愚行，足以引起不信者的輕蔑與嘲笑。
第二十六節：IV. 他們腐蝕了道德教義，從而掩蓋了基督信仰的許多聖潔與純淨。
第二十七節：V. 他們腐蝕了教會歷史，在他們的傳說與神蹟書籍中強加或散佈了大量荒謬的謊言，這些都是撒但刻意設計的，旨在誘使人們不相信基督與使徒的神蹟。
第二十八節：VI. 他們藉由火刑、血腥與非人道的殘酷手段來維護自己的教派與權力，使基督信仰變得令人厭惡。
第二十九節：VII. 他們公開顯露了野心、世俗尊榮與教士的繁榮正是他們的宗教；並且同時宣稱他們的黨派或教派就是整個教會。
第三十節：VIII. 基督徒之間巨大的分歧是不信者的絆腳石，當希臘教會與羅馬教會爭奪誰是最大的時候；他們以及許多其他教派都在互相定罪、開除教籍與指責。
第三十一節：IX. 缺乏紀律的教會，以及大多數自稱基督徒的人（特別是在希臘與拉丁教會中）邪惡的生活，極大地堅固了不信者對信仰的懷疑。
第三十二節：X. 觀察到許多看似比其他人更虔誠的人所犯下的醜聞性錯誤與行為，誘使許多人背道。
第三十三節：XI. 世上最富有、最偉大、最有學問的人，以及絕大多數人一直反對基督信仰，這也是一個阻礙。
第三十四節：XII. 在不信者佔優勢的國家，國家的習俗、祖先的傳統，以及那些有能力、有機會與優勢的人的推理與詭辯，壓制了真理。
第三十五節：XIII. 在穆罕默德教與異教地區，殘酷、迫害人的君主之暴政，是基督信仰傳播的最大阻礙，因為這阻礙了知識媒介的獲取。
關於這一點，羅馬派的基督徒給他們提供了一個令人沮喪的例子，他們對待基督徒同胞比土耳其人與一些異教君主還要殘酷；因此，暴政是阻止福音進入地球大部分地區的最大罪惡。
第三十六節：III. 但沒有任何信心的阻礙比我們內在的阻礙更大；例如：1. 所有墮落的心靈對上帝自然的陌生感，以及他們在一切屬靈事物上的盲目。
第三十七節：II. 世上大多數人頭腦軟弱、缺乏判斷力、知識匱乏，缺乏信心的共同自然準備，無法在感官範圍之外的事物中看出理性的力量。
第三十八節：III. 屬肉體的心與基督信仰的聖潔為敵，因此將始終反對接受其原則。
第三十九節：IV. 由於本性、教育、習俗與交友的影響，人們很早就被對信心與聖潔生活的偏見與錯誤觀念所佔據，這阻礙了改革真理的進入。
第四十節：V. 對於具備肉身的靈魂而言，渴望一種感官上的滿足方式，滿足於眼前所見的事物，而對看不見且超越感官的事物感到無動於衷，是非常自然的。
第四十一節：VI. 我們對當時所使用的語言、成語與諺語的陌生，使我們在理解聖經時處於劣勢。
第四十二節：VII. 我們對該國的地點、習俗以及許多其他事實的陌生也是如此。
第四十三節：VIII. 我們與那些時代的距離，使得事實必須透過人類的報告與歷史證據來接收；而熟悉此類歷史的人太少了。
第四十四節：IX. 大多數人因蓄意犯罪而喪失了恩典的幫助，並使無神論與不信看起來符合他們肉體的利益，因此他們甘願受騙；他們離棄上帝，也被上帝離棄，逃避光明，壓制真理，敗壞良心，並為了感官的享樂而使理性喪失能力。
第四十五節 十、那些最需要恩典媒介與幫助的人，卻如此悖逆且懶惰，以至於不願付出勞苦與耐心去閱讀、商討、深思、禱告，並使用那些對其獲取知識至關重要的媒介；反而僅憑輕率與怠惰的思想，就草率地定下了自己的判斷。
第四十六節 十一、然而，這些人卻又傲慢自負，對自己理解力的薄弱一無所知，竟對那些他們從未真正理解的事物，做出迅速且自信的判斷；因為人總是傾向於根據自己當下所領悟的去評判，而非根據他們本該領悟的，或他人所領悟的去評判。
第四十七節 十二、多數人認為最明智的做法（因為這也是最省事的），就是隨大流，信奉他們所處國家與君王的宗教；並效法周遭大多數人的行為，而這往往並非最好的選擇。
第四十八節 十三、人們已變得與自己疏離，不知道人究竟是什麼，也不明白何謂理性的靈魂；他們濫用了自己更高層次的官能，以至於對自身的尊嚴與用途變得無知，甚至不知道在自己裡面有什麼是可以幫助其信心的。
第四十九節 十四、人們變得如此敗壞、虛假，且慣於撒謊，以至於他們對上帝與他人更加不信任，因為他們是以己度人，用自己的標準去評判他人。
第五十節 十五、對身體與世俗的掛慮佔據了人們的心思，使他們無法騰出時間，對上帝的事務及其救恩進行必要的、退隱的、嚴肅的思考。
第五十一節 十六、極少有人有幸得到明智的嚮導，這些嚮導能正確辨明福音的方法與證據，而不至於因其錯誤的基礎與不健全的推理，誘使人陷入不信。以上這些，便是那些本該相信的人，其自身所存在的障礙與困難。