人是什麼，神是什麼：這兩方的本質及其關係，是為了認識聖約本身，以及神與人之間一切後續往來，所必須首先知曉的事。在此處犯下一個錯誤，將會引發無數的錯誤。關於自然哲學，你可以安全地對成千上萬的觀點一無所知；但如果你不知道人是什麼、理性是什麼、自然的自由意志是什麼，以及低等的感官官能及其用途為何，這將使你暴露在無數的謬誤之中。在人的本性中，你必須看見他與神建立關係的基礎；如果你不了解那些偉大的關係——其責任必須佔據我們的一生——你便很容易預見這種無知或錯誤所帶來的後果。同樣地，如果你不知道神是什麼，以及祂與我們之間的關係（就我們活在這些關係的責任中所必需的程度而言），那麼你的無知所帶來的後果將是悲慘的。如果博學之士對神某個屬性的理解產生了偏差（例如那些認為神的良善不過是祂的仁慈，或是行善的傾向，又或是認為祂是一位必然的行動者，行善至「極致能力」等），那麼將會引發多少可怕且不敬虔的後果？
指引三：在穩固地理解了這些以及其他宗教原則後，以此檢驗所有後續的真理，凡是與這些原則中任何一項確實不一致的，皆不可視為真理。即使是那些非感官可及的原則，在被充分接受之前，以及在那些尚未接受它們的人面前，或許可以進行辯論；但一旦確立，就不應再受質疑；因為如果你總是對所有的基礎提出質疑，你就永遠無法前進或建立更高的真理。誠然，沒有任何真理會與其他真理相矛盾；然而，當兩個晦暗或可疑的觀點被放在一起比較時，很難知道該拒絕哪一個。但在這裡卻很容易：任何與神或人的真實本性，或任何原則相矛盾的事物，都絕不可持守。
指引四：不要相信任何確實與所有宗教之目的相矛盾的事物。如果它具有一種自然或必然的傾向，導致不敬虔，反對愛神，或反對聖潔與屬天的思想與生活，那麼無論它如何標榜，都不可能是真理。
指引五：務必清楚區分「已啟示」與「未啟示」的事物；在辯論任何問題之前，先查明該問題是否有啟示；如果沒有，就將其擱置；並將此視為你必要順服的一部分——對於神要你無知的事，你就保持無知；正如努力去了解神要你了解的事，是你順服的一部分。當爭論中混雜了一些未啟示的事物時，在進一步討論之前，先將它們挑出來擱置一旁，並確保其餘問題的解決方案不是建立在這些事物之上，也不要與它們糾纏在一起，以免使整個問題陷入不確定或混亂之中。神曾以此教導約伯，使他確信有多少事物超出了他的知識範圍。基督也曾以此教導尼哥底母關於重生的工作，讓他知道雖然必須認識重生的必要性，但聖靈進入靈魂的方式卻是無法知曉的。保羅在論述揀選時，也注意到那些不可測度的深奧，以及受造物不適合與神爭辯。當你發現任何關於預定論或預定計畫的爭論，被歸結為諸如以下的問題時：神是否藉由物理性的、預先推動的注入，或是藉由共同作用，或是藉由道德性的運作（作為目的），來決定或具體化人的道德行為？對於效果的否定（例如某人未蒙恩典、未歸信或未得救；所有數以百萬計可能的個人、名稱和事物將不會成為未來的事實），是否需要一個「就行為而言」的積極法令？神裡面形式上存在著什麼樣的理解、意志或能力？祂如何知道未來的偶然事件？以及其他上百個類似的問題；那時請記住要運用這條規則，並像摩西一樣說：「隱祕的事是屬耶和華我們神的；惟有明顯的事是永遠屬我們和我們子孫的，好叫我們遵行這律法上的一切話。」各教派的大師們常以一些稀奇、深奧的發現為榮，關於這些，你可以從聖靈的判語中得知：「不可讓人因著故意謙卑和敬拜天使，就奪去你們的獎賞。這等人拘泥在所見過的，隨著自己的肉體的心思，無故地自高自大。」要敬虔地遠離那些未啟示的事物，不要去爭辯它們。
指引六：做一個謹慎且精確（而非虛浮）的區分者；不要讓模稜兩可和混亂欺騙了你。懷疑你問題中的每一個詞，對其進行剖析，並在與任何對手辯論之前，先就所有共同術語的含義達成共識。不僅在許多詞彙中，甚至在一個詞或一個音節裡，都可能包含如此多的歧義和混亂，以至於使一場漫長的辯論淪為徒勞且荒謬的爭吵。聽到人們花費數小時爭論「為何相信」（cur credis），以及信心應當歸結於什麼，最後才明白，其中一人所說的「為何」是指「真理的原則或原因」，而另一人所說的則是「揭示的原則」，或是「真理的證據」，或其他原因，這難道不是荒謬的事嗎？或者當一人談到他信心的歸結是指形式對象，而另一人是指輔助性的見證或媒介，或是指神聖證明的證據，或其他許多原因時？又或者聽到人們爭論基督是否為所有人而死：當其中一人所說的「為」是指「為了所有人的益處」，而另一人是指「代替所有人，或作為所有人的罪的獲取原因等」？然而，僅僅一個音節就包含了這種混亂！閱讀許多天主教徒與新教徒之間關於稱義的漫長爭論是多麼令人厭煩的事，因為對於稱義，一人指一種意思，另一人卻指完全不同的意思！若不能強迫每一個詞都做出其適當含義的明確告白，以致於意圖表達的事物能在詞彙中被真實地辨識出來，那麼他只會用一場充滿詞藻卻毫無意義的爭論來欺騙自己和他人。
指引七：因此，要特別懷疑隱喻；因為在解釋釐清其含義之前，它們全都是模稜兩可的。聽到一些人在未經解釋的隱喻詞彙上爭論，而雙方都沒有闡明其含義，且明明有足夠的適當詞彙可用時，這是一件令人厭惡的事。
指引八：特別注意你的探究或辯論屬於哪種存在類型，並根據你所辯論的存在類型來調整和解釋你所有的術語。例如，如果你是在探究任何恩典的本質，如信心、悔改、順服等，請記住這是在「道德範疇」（in genere moris）中，是一種道德行為：因此，這些術語不應被理解為你在辯論純粹的物理行為，後者僅被視為在「存在範疇」（in genere entis）中。因為那個必須構成一個道德行為的對象，包含了許多物理成分，這些成分將組成許多物理行為。如果你將某人視為你的君王、指揮官、主人、醫生等，當你在法庭上因不忠而被審問時，若你還在爭論「視為」這個詞，究竟是指幻想、感官、理智還是意志的行為等，難道不會被嘲笑嗎？同樣地，當你問信心或悔改是什麼行為時，它們包含了許多具體的物理行為。當你辯論神學、政治、法律、戰爭等時，你絕不能使用與辯論物理學或形上學時相同含義的術語。
指引九：在所有的辯論中，務必確保你的眼前始終區分著「存在的秩序」與「認知的秩序」：不要讓那些懸而未決的「關於存在」（de esse）的問題，挫敗了你所有關於「關於認知」（de cognoscere）的辯論。例如在問題中：當一個人認為某事是神的命令時，他是否應該做這件事？良心必須順服到什麼程度？在決定關於我認知之後的義務之前，必須先決定「關於存在」（de esse），即這件事是否確實是被命令的、合法的，還是不合法的？因為，無論我的良心或觀點如何說，這件事本身要麼是合法的，要麼不是：如果它是合法的，或是一種義務，那麼問題很快就能解決；但如果它是不合法的，我良心的錯誤並不會改變神的律法，也不會使它對我而言變得合法。我首先有義務去認識，然後去實行神所啟示和命令的事：無論我對此有何想像，我都受此約束；並應當拋棄那些與之相違背的錯誤。
指引十：當你開始一項探究或辯論時，務必清楚地發現爭論中有多少是口頭上的「關於名稱」（de nomine），又有多少是實質上的「關於事物」（de re）。不要讓你的對手在一個錯誤的假設下繼續進行，即當爭論僅僅是「關於名稱」時，卻誤以為是「關於事物」。名稱與事物之間的差異如此巨大，你本以為沒有理智的人會將它們混為一談；然而，普通的辯論者在這一點上卻如此粗心，以至於在辨別爭論是「關於名稱」還是「關於事物」之前，就對爭論大做文章，這是常有的事。我聽過許多激烈且漫長的辯論，它們被當作是關於某些實質問題的核心（例如關於人行善的能力，或關於恩典的充足性，或關於稱義等），而事實上，辯論者之間所有的爭執僅僅或主要是「關於名稱」，且雙方似乎都沒有注意到這一點。請確保在審視問題的術語時，徹底篩選這一點，並將口頭上的爭論僅視為口頭上的，而非真實且實質的。我們已經有足夠多的實質分歧了：我們不需要透過這種盲目或粗心的辯論方式，讓它們看起來更多。
指引十一：不要讓研究中漫無目的的心思，或辯論中漫無邊際的談話，打斷你有序的進程，並在將論點帶向自然結論之前就將你引開。但那些欺騙性的詭辯者和頭腦混亂的饒舌者，會極力想要開啟另一個話題，並破壞你對當前論點的追蹤：但要堅持住，否則就視他們為不值得辯論的對象，讓他們走吧（除非是在聽眾的軟弱要求你跟隨他們進行這種無謂的追逐時）。在這種漫無目的的研究和辯論中，你只會浪費時間。
指引十二：要謹慎對待錯誤的假設；或者至少要謹慎對待任何依賴於這些假設的推論。在某些情況下，可以做出一個錯誤的假設，只要它絲毫不傾向於推導出其真實性即可：但絕不能在該謬誤之上建立任何東西，彷彿它是一個真理。狡猾且隱祕地植入論證中的錯誤假設，是非常普遍的欺騙工具。
指引十三：不要用不確定的事物來辯駁確定的事物；而要以確定的觀點作為衡量標準來檢驗不確定的事物。不要將已證實且確定的事物歸結為那些可疑且正受爭議的事物：而要將可爭議的觀點歸結為那些毫無疑問的事物。
指引十四：不要用聖經中晦澀的經文來辯駁那些更平易、更清晰的經文，也不要用少數幾處經文來辯駁許多同樣清晰的經文；因為那些被用來反對同一聖經中最平易且頻繁表達的解釋，必然是錯誤的解釋。
指引十五：不要將晦澀的預言視為誡命。晦澀本身就足以使你謹慎，以免冒險去實踐你所不理解的事；但即使沒有晦澀之處，預言也不是你成就它們的憑據；即使是為了教會的好處也不例外。預言只告訴你「關於結果」（de eventu）將會發生什麼，但並不授權你去促成它：神的預言往往是由最邪惡的人和最邪惡的手段所成就的。例如猶太人殺害基督，法老拒絕讓以色列人離開，以及耶戶懲罰亞哈家。然而，許多自以為是的人認為，他們可以從《啟示錄》或但以理的預言中找出能為極其可怕的罪行辯護的理由，同時他們卻使用邪惡的手段來成就神的預言。
指引十六：在什麼情況下將人的實踐或榜樣視為聖經中的誡命，要非常謹慎。有一種情況下，實踐或榜樣對我們具有如同誡命般的約束力；那就是當神給予人建立祂教會形式或秩序與敬拜的使命時（正如祂對摩西和使徒所做的那樣），並應許賜下聖靈引導他們進入一切真理，在祂所委派的事務中；在這裡，神有責任保守他們不致出錯；因為如果他們出錯了，祂的工作就會做得不好，祂的教會就會被錯誤地建立和架構，祂的僕人也會不可避免地受到欺騙。使徒們被授權建立教會職分和持續性的秩序；而聖經在很大程度上是以歷史形式寫成的，它讓我們知道他們在順服使命的過程中（至少在向世界宣告基督最初所設立的事物時），在建立教會方面做了什麼（以及他們說了什麼、寫了什麼）。因此，如果他們的實踐對我們沒有約束力，那麼他們的言語也可能以同樣的藉口被規避。基於這個理由（至少），主日很容易被證明是神所設立且具有約束力的。我們只需要小心區分那些基於特定且暫時性場合（與義務）的使徒言語和實踐，與那些基於普遍或永久性基礎的言語和實踐。
指引十七：對於你從任何純粹的「天命作為」中所引申出的結論，要非常謹慎。因為對這些作為大膽且盲目的解釋，已經引導許多人犯下了極其嚴重的罪：沒有任何天命可以取代我們身上的律法：但有時且往往，天命會改變我們義務的內容，從而導致我們義務的改變（例如當丈夫去世，妻子就不再受約束等）。但世俗心態的人過於看重世俗事物，以至於他們竟敢從中去衡量神的愛與恨，以及祂在世上所認可或不認可的事業。而神的智慧似乎正是為了引起人類事務中這種奇妙且意想不到的變動，以羞辱這些人的原則或精神，並使他們的輕浮與多變顯露出來，以至於他們蒙羞。一年他們說：「這一定是神的事業，否則祂絕不會如此認可它」；另一年他們說：「如果這是神的事業，祂絕不會如此否認它」：正如野蠻人在毒蛇咬住保羅的手時對他所作的判斷一樣。因此，他們判斷神是否認可，更多是根據祂的賜福或懲罰，而不是根據祂的話語。
指引十八：在很大程度上取決於敬虔之人的真誠與經驗的爭論中，要小心不要追求標新立異，也不要偏離敬虔之人的共同感悟。因為神聖靈的作為，透過其日常的常態來判斷，要比透過某些（真實或假設的）異常案例來判斷更好。
指引十九：在很大程度上取決於古代見證的爭論中，不要偏離古人的判斷。那些站在使徒時代視野之內的人，比我們更能說出他們做了什麼，以及他們將教會留在了什麼樣的狀況中。在每一個案件中都訴諸古人，甚至在後世基督徒勝過他們的地方也如此，不過是為了我們祖先的智慧而顯得愚蠢。但在歷史問題，或任何他們比後人更有優勢的事物上，應當優先考慮他們的見證。
指引二十：在取決於個別基督徒或教會經驗的爭論中，最應重視最有經驗者的判斷，並將教會後世的判斷置於經驗較少的時代之前（使徒時代除外，因為他們有聖靈更大的幫助）。在許多需要經驗的問題上，一位年長、有經驗的基督徒或神學家，比許多雖然更熱心、理解力與表達力更敏銳的年輕人更值得重視。因此，我們所謂的教父或古人，實際上處於教會較年輕的時代，而我們這些身處後期且更有經驗時代的人，擁有前人智慧與經驗的所有幫助：因此，神將會要求我們對所領受的這些更大的才幹交帳。正如一位擁有如此多卷宗的制度、觀察和前人實驗幫助的醫生，若知道的還不如那些沒有這些幫助的早期時代，是不可原諒的一樣；對於當今教會而言，若沒有比早期時代更智慧，也是同樣不可原諒的。當阿奎那、司各脫、阿里米嫩西斯和其他經院哲學家，以一種與伊格那修、愛任紐、特土良、居普良或任何早期時代截然不同的方式將基督教教義傳遞給教會時，他們肯定認為自己在神學知識上達到了比其祖先更高的卓越與精確：而且無論他們在特倫特誓詞中發誓不以教父以外的方式解釋任何聖經，我毫不懷疑蘇亞雷斯、瓦斯奎茲和其他現代經院哲學家也這麼認為，並且不願僅僅以那些古人的尺度來衡量自己的智慧。教會的後期與年長時代擁有豐富的經驗，例如：關於野心與教皇權力渴望與篡奪的傾向；關於編纂與強加教皇彌撒經文與眾多儀式的危害；關於他們的隱含信心，以及他們對平民隱瞞聖經，以及許多這類問題；如果我們從所有這些經驗中一點也沒有變得更智慧，我們就更加不可原諒；並可能被視為那些忽視了更大幫助的人而受到審判。
指引二十一：在很大程度上取決於語言、哲學或其他普通學問技巧的爭論中，優先考慮那些在這些事務中最博學的少數人的判斷，勝過最古老的、最敬虔的，或最大多數的（甚至是整個教會）未受過教育者的判斷。在這種情況下，無論是人數、古老程度還是敬虔程度都無濟於事：正如一隻清晰的眼睛比一萬隻視力模糊的眼睛看得更遠一樣，一位耶柔米或奧利金在翻譯或經文的語法含義上，可能比一百位其他教父判斷得更好。一個懂某種語言的人，比一個不懂該語言的整個民族更有資格進行判斷。一位哲學家比一千個文盲更有資格判斷哲學問題。每個人在自己最熟悉的事務上，都最值得被重視。
指引二十二：在神學家們本身意見不一，且需要清晰敏銳的智慧才能解決的重大困難爭論中，要比那些認為可以靠人數優勢取勝的遲鈍且平庸之輩的眾多意見，更重視少數敏銳、明智、博學且精通這些爭論的神學家的判斷。經驗已經太過確實地證明，明智的人非常稀少，而那些沒有足夠智慧去理解他們，也沒有足夠謙卑去承認並向他們學習的眾多不明智者，卻有足夠的驕傲與傲慢去反駁他們，且往往有足夠的惡意去詆毀他們。在這種分歧中，不僅滿足於少數人的認可是一個明智者的標誌，而且擁有少數認可者也是如此（除非那些不明智者盲目地相信那少數明智者）。通常，極少數比大眾更智慧的人，不得不站在一旁，不僅對世界，也對教會感到憐憫，他們看見了疾病，也看見了簡單的補救方法，但一切都是徒勞；同時，他們卻被其餘那些不願因他們而變得更智慧的人所忽視或蔑視。
指引二十三：在所有的爭論中，緊緊抓住各方都同意的事物：即使在天主教徒與新教徒之間，也有如此多的一致之處，以至於如果他們所有人都能真誠地相信、愛並實踐它，這就足以拯救他們所有人；因為他們都承認整本正典聖經是真實的。因此，要更勤奮地真誠持守並運用他們所宣稱的那些共同真理，而不是去反對任何人的特定觀點，除非共同真理要求如此。確保你真誠地相信所有人都宣稱的共同信經條款；確保主禱文中的祈求真誠且熱切地向上帝獻上；確保十誡被衷心且完全地遵守；那麼，任何錯誤或分歧都不會使你滅亡。
指引二十四：不要將任何基督自那時起，歷代普世教會所未曾接受的事物，視為信仰上得救所必需的，也不要視為實踐上普遍必需的。因為如果教會在每一代都沒有接受的事物，卻是得救所必需的，那麼那個時代的教會本身就無法得救；那麼教會實際上就不是教會；因為基督是祂身體的救主。但基督在每一代肯定都有一個得救者的教會，他們公開宣稱所有得救所必需的共同事物。一個指責教會大眾存在某種錯誤或不完美的觀點可能是真實的；因為最確定的是，地上的教會（就那些有理性使用能力的人而言）是由犯錯且不完美的成員組成的；但沒有任何觀點在任何一個時代可以譴責整個教會下地獄，這是真實的；因為教會的頭與丈夫必須是她的審判者。
指引二十五：不要被任何人的批判態度所壓倒，以至於超越你自己的理解力和真理，並在他們的錯誤與極端中順從他們；而要堅持真理並保持你的立場：「他們當歸向你，你卻不可歸向他們。」年輕且較不明智的基督徒，往往對一些微小的觀點、儀式和詞彙最為熱心，並以如此尖刻的批評（如不敬虔、虛偽等）來指責所有與他們不同的人，以至於一些較明智的人為了逃避這些批評者，而放棄了福音的真理與純樸，去順從這些批評者（或者正如有些人所說，為了保持對他們的一種影響力來造就他們）：但這種肉體上的順從，即使是對最熱心的人，最終也只會帶來悔改與羞恥：作為靈魂得益處之工具的真理，絕不能為了靈魂的好處而被出賣。
指引二十六：不要因為出現的每一個困難，就懷疑已證實的真理。世界上幾乎沒有什麼真理是如此清晰，以至於在你自己的思想中，或在爭論者的詭辯中，不會產生讓你難以回答的困難；也幾乎沒有什麼是如此明顯，以至於沒有人會反對。你看，即使是最博學的耶穌會士，以及羅馬王國的所有神職人員，為了維護麵包不是麵包、酒不是酒的觀點，甚至不惜與全世界（如果他們能的話）爭論，使人們不再相信自己的感官。然而，有多少君王、領主和統治者跟隨他們，又有多少百萬民眾跟隨他們；因為他們無法反駁他們。如果他們說人不是人，而是一條蟲，他們在理智上本來也可以期待同樣多的信徒。
指引二十七：不要濫用你自己的知識，將其屈從於你的肉體利益或感官享受。凡是違背良心犯罪，且不順服自己所知真理的人，理當被交給盲目與欺騙，失去他所擁有的，並被遺棄直到他相信並捍衛謊言：「使一切不信真理、倒喜愛不義的人都被定罪。」神不會以他為無罪，因為他如此貶低神聖的真理，使其屈從於自己的商品與私慾；祂既是教師，就必是君王，祂派遣真理作為祂統治的工具，而不是作為肉體的奴隸或皮條客：凡「立志遵著祂的旨意行的」，就必曉得這教訓。但那不能順服神律法的肉體心思，是不適合領受它的，因為這是屬靈的辨別。